Национальная палата предпринимателей РК «Атамекен» предлагает сохранить льготное налогообложение медицинской отрасли и не повышать ставку НДС на лекарственные средства и медицинские изделия. Вопрос планируется повторно рассмотреть на Проектном офисе по внедрению нового Налогового кодекса Республики Казахстан.

Предложения были представлены 21 августа 2026 года в Астане на V юбилейном дискуссионном форуме «Налоги, административные споры и защита бизнеса» - Astana Tax Forum. В мероприятии приняли участие более 170 человек и свыше 30 экспертов, включая представителей государственных органов, НПП РК «Атамекен», бизнеса, судейского корпуса и профессионального сообщества.

Как отметили в Нацпалате, применение в медицинской отрасли разных режимов налогообложения - ставки НДС 16% и 5% - осложняет администрирование для участников рынка. В качестве общего подхода НПП предложила установить для отрасли единую ставку НДС в размере 5% и отказаться от ее дальнейшего повышения.

По данным Фонда социального медицинского страхования, на которые ссылается «Атамекен», дополнительная налоговая нагрузка может повлиять на финансовую устойчивость системы ОСМС. При сохранении ставки НДС на уровне 5% соответствующие риски могут возникнуть начиная с 2030 года, а при ее повышении до 10% - уже с 2029 года. На этом основании Нацпалата также предлагает вернуть налоговые льготы для медицинской отрасли.

Согласно справке по налогообложению системы здравоохранения, подготовленной НПП, внимания требуют также и условия работы отечественных производителей. Готовые лекарственные средства и медицинские изделия могут облагаться НДС по льготной ставке 5% либо освобождаться от налога, тогда как сырье, материалы и комплектующие для их производства облагаются по ставке 16%. По оценке авторов справки, это увеличивает нагрузку на оборотный капитал, повышает себестоимость и снижает конкурентоспособность казахстанской продукции по сравнению с импортом.

Отдельная проблема связана с медицинскими изделиями, поставляемыми в рамках ГОБМП и ОСМС. В справке указывается, что НДС на такую продукцию не был учтен в тарифах на медицинские услуги и контрактных ценах, зафиксированных в договорах закупа 2025 года. Поскольку договоры не предусматривают увеличения стоимости на сумму налога, поставщики вынуждены начислять НДС внутри ранее установленной цены. Это фактически сокращает их доходность.

НПП также оценила влияние налоговой нагрузки на потребителей. Согласно приведенным расчетам, при ставке 5% на аптечную розницу лекарств объемом 983 млрд тенге приходится около 49,15 млрд тенге НДС, а на рынок платных медицинских услуг объемом 724 млрд тенге - около 36,2 млрд тенге. Совокупная налоговая нагрузка на граждан оценивается в 85,35 млрд тенге. При повышении ставки до 10% она может увеличиться примерно вдвое - до 170 млрд тенге.

В справке приводятся и результаты анализа налоговых показателей 549 субъектов здравоохранения за пять месяцев 2026 года. Количество организаций, уплачивавших НДС, увеличилось со 131 до 208, или на 58,8%, а общая сумма уплаченного НДС выросла на 49% - с 9,86 млрд до 14,72 млрд тенге. Одновременно поступления индивидуального подоходного налога сократились на 6,1%, корпоративного подоходного налога - на 27,1%, а 16 из 542 проанализированных субъектов фактически приостановили деятельность. По оценке НПП, эти показатели свидетельствуют об ухудшении финансово-экономического положения части участников отрасли.

Одним из аргументов в пользу освобождения медицинских услуг от НДС является структура расходов медицинских организаций. По данным за 2025 год, на фонд оплаты труда приходилось в среднем 58% их расходов, а в государственных организациях - 65%. Поскольку расходы на заработную плату не формируют зачет по НДС, для медицинских организаций налог фактически становится дополнительной нагрузкой на выручку.

Ситуацию осложняют задержки оплаты услуг в рамках ГОБМП и ОСМС. Согласно расчетам, представленным в справке, при оценочном плане финансирования медицинских услуг за первое полугодие 2026 года в размере 1,70 трлн тенге фактически было оплачено 1,28 трлн тенге. Отклонение составило 416,9 млрд тенге, или 24,6%. В условиях задержки оплаты введение НДС может привести к возникновению налоговых обязательств до фактического получения средств медицинскими организациями.

По итогам анализа НПП рассматривает два возможных варианта: полное восстановление освобождения сферы здравоохранения от НДС либо освобождение медицинских услуг с одновременным закреплением единой ставки 5% для лекарственных средств и медицинских изделий. Приоритетным предложением обозначена вторая модель - ставка 5% по всей цепочке производства и обращения ЛС и МИ и освобождение медицинских услуг от НДС независимо от того, оплачиваются они государством, системой ОСМС или самими пациентами.

Вопрос налогообложения медицинской отрасли планируется повторно вынести на рассмотрение Проектного офиса по внедрению Налогового кодекса. Предлагаемые изменения пока не приняты и требуют оформления в виде законодательных поправок.

Пакет поправок в Налоговый кодекс планируется окончательно сформировать и внести в Курултай в сентябре 2026 года. 

Источники: НПП РК «Атамекен», Справка по налогообложению системы здравоохранения.