С 1 января 2026 года в Казахстане изменилось налоговое законодательство в части обложения НДС оборотов по импорту и реализации лекарственных средств. В этой связи у участников фармацевтического рынка возникает ряд практических вопросов. Разъяснения Комитета государственных доходов Министерства финансов Республики Казахстан по отдельным ситуациям опубликованы сетевым изданием «PRG.kz».

Ветеринарные препараты: освобождение от НДС отменено

Вопрос: До 2026 года реализация ветеринарных препаратов освобождалась от НДС. Сохраняется ли такое освобождение в 2026 году?

Ответ КГД: До 1 января 2026 года действовала норма подпункта 34) статьи 394 Налогового кодекса, согласно которой обороты по реализации лекарственных средств, используемых в ветеринарии, освобождались от НДС. В редакции Налогового кодекса, действующей с 1 января 2026 года, данная льгота отсутствует. Таким образом, с 1 января 2026 года реализация ветеринарных препаратов облагается НДС в общеустановленном порядке по ставке 16%.

Сооплата в рамках ГОБМП: порядок налогообложения

Вопрос: Если лекарственные средства реализуются в рамках гарантированного объёма бесплатной медицинской помощи (ГОБМП) с частичной сооплатой пациента, облагается ли НДС сумма такой сооплаты?

Ответ КГД: С 1 января 2026 года от НДС освобождается реализация лекарственных средств в рамках ГОБМП, а также для лечения орфанных и социально-значимых заболеваний, включённых в Перечень, утверждённый постановлением Правительства РК от 31 декабря 2025 года № 1203.

Согласно Кодексу Республики Казахстан «О здоровье народа и системе здравоохранения», ГОБМП представляет собой объём медицинской помощи, финансируемый за счёт бюджетных средств. При этом допускается добровольная сооплата граждан за разницу между полной стоимостью лекарственного средства и суммой бюджетного возмещения.

Комитет разъясняет, что сооплата, осуществляемая добровольно покупателем на разницу в стоимости лекарственного средства и суммой возмещения в рамках ГОБМП, облагается НДС в общеустановленном порядке без применения освобождений.

Следовательно, освобождение распространяется только на часть стоимости, финансируемую за счёт бюджета, тогда как добровольная доплата пациента подлежит обложению НДС.

Импорт лекарственных средств: роль договора поставки

Вопрос: Если государственные закупки осуществляются после ввоза товара, вправе ли импортер применить освобождение от НДС при импорте лекарственных средств, предназначенных для ГОБМП и ОСМС?

Ответ КГД: С 1 января 2026 года импорт лекарственных средств в рамках ГОБМП и ОСМС, а также для лечения орфанных и социально значимых заболеваний освобождается от НДС на импорт. При этом Перечень лекарственных средств (Перечень), а также порядок применения освобождения от НДС при импорте лекарственных средств (Правила) утверждены постановлением Правительства РК от 31 декабря 2025 года № 1203.

Одним из условий для предоставления освобождения от НДС согласно Правил является наличие договора поставки лекарственных средств в рамках ГОБМП и ОСМС. При этом только договор поставки лекарственных средств в рамках ГОБМП и ОСМС, оформленный в соответствии с приказом Министра здравоохранения РК от 7 июня 2023 года № 110, подтверждает, что реализация лекарственных средств производится в рамках ГОБМП и ОСМС.

Таким образом, в случае отсутствия договора поставки лекарственных средств в рамках ГОБМП и ОСМС при импорте лекарственных средств НДС на импорт подлежит оплате по ставке 5%, если такие лекарственные средства включены в Перечень лекарственных средств, медицинских изделий, комплектующих медицинских изделий, а также технических вспомогательных (компенсаторных) средств в соответствии с законодательством Республики Казахстан о социальной защите (Перечень лекарственных средств, облагаемых по 5%).

При этом если лекарственные средства не включены в Перечень лекарственных средств, облагаемых по 5%, то НДС на импорт подлежит уплате по ставке 16%.

Обязательна ли выписка ЭСФ для неплательщиков НДС?

Вопрос: Должны ли медицинские организации, не являющиеся плательщиками НДС, выписывать электронные счета-фактуры (ЭСФ)?

Ответ КГД: С 1 января 2026 года для отдельных категорий неплательщиков НДС установлена обязанность по выписке ЭСФ. В соответствии с подпунктом 11) пункта 1 статьи 208 Налогового кодекса к таким категориям относятся налогоплательщики, оказывающие медицинские услуги, при реализации:

– лекарственных средств;
– медицинских изделий;
– комплектующих медицинских изделий;
– технических вспомогательных (компенсаторных) средств в рамках законодательства о социальной защите.

Таким образом, отсутствие статуса плательщика НДС не освобождает от обязанности по оформлению электронных счетов-фактур в предусмотренных случаях.

В новых условиях участникам фармацевтического рынка необходимо учитывать налоговые риски уже на этапе планирования поставок и заключения контрактов.