Исследователи Wellcome Sanger Institute совместно с британскими клиническими центрами создали первый крупнейший биобанк из 256 опухолевых органоидов (трёхмерная (3D) лабораторная модель опухоли, выращенная из живых клеток), полученных от пациентов с 5 видами рака (колоректальный, пищевода, поджелудочной железы, желудка и яичников). Результаты исследования опубликованы в журнале Nature.

Для формирования коллекции использовались образцы опухолевой ткани, предоставленные пациентами медицинских центров Бирмингема, Кембриджа, Глазго, Лондона и Саутгемптона. Исследователи секвенировали ДНК опухолевой ткани и образцов крови пациентов, что позволило сопоставить лабораторные модели с первичными новообразованиями и отслеживать изменения, возникающие при их длительном культивировании. 

На основе этого биобанка с помощью функционального скрининга CRISPR (на 162 моделях органоидов) ученые систематически отключали гены по одному и составили масштабную карту генетических зависимостей рака - выявив ключевые гены, от которых зависит выживание и рост опухолевых клеток, а также 1 733 связи между этими зависимостями и клинико-генетическими особенностями.

В отдельных случаях исследователям удалось сравнить органоиды, созданные из образцов одного пациента до и после терапии. Это помогло проследить формирование лекарственной устойчивости и выявить потенциальные уязвимости резистентных опухолевых клеток. Авторы подчеркивают, что полученные результаты пока не являются готовыми методами лечения, однако биобанк может использоваться для выбора перспективных лекарственных мишеней и доклинической проверки новых терапевтических подходов.

Данные коллекции будут находиться в открытом доступе на платформе Cell Model Passports. Сами органоиды планируется распространять среди исследовательских организаций через Merck и некоммерческий репозиторий American Type Culture Collection.

Источник: Wellcome Sanger Institute - New biobank of tumour models reveals cancers’ weak spots.